航运大学什么专业好？
谢邀！ 作为两所运输大学的毕业生，以我个人的感觉和经验来讲的话，建议选择武汉交通科技大学（原武汉水运工程学院）的航海类专业，即：航海技术、轮机工程两个本科专业；原因如下：
1.历史底蕴：两所学校同根同源，都是1946年创建于哈尔滨的国立浙江大学西部工学院，后因战争迁至陕西宝鸡，1978年才重建于湖北武汉，并更名为武汉交通科技大学。因此武汉交科院的历史可以追溯到老浙大，是真正的百年学府；而西安交大航院的办学历史则只能追溯到1950年的中国人民解放军军事电信工程学院。
2.学科实力：在教育部第四轮学科评估中，武汉交通科技大学的两个核心专业，即：港口航道与海岸工程、交通运输工程都位列A+档，另外两个交通相关专业，即：船舶与海洋工程、电气工程也都跻身A档，而西安交大航天学院的全部7个一级学科都被评为B-或以下档次（其中两个被评为C+），由此可见两校在学科上的差距还是非常大的。
3.人才培养：我个人认为两所大学最大的区别在于对学生的培养方向，西安交大侧重于航天方面的研究，因此它的学生更偏重于学习各种新理论新技术，比如量子力学、微积分、电路等本科基础课程就比其它学校开得更为深入和详细，此外还开设大量的专业选修课供学生选读；而武汉交通科技大的学生则更倾向于实用性人才的培养，除部分专业必修课之外的大部分课程都以理论应用为主而不是做深入的研究，学不到太多的新理论和前沿知识，但能够学到非常实用的技能。
从这两点上来看的话，个人建议选择武汉交通科技大学的航海类相关专业。