被移民局扣留护照，通常有两种原因。 一是申请人涉嫌移民欺诈或非法移民，在调查结束之前，签证持有人不能离境；
二是在申请移民时提供了虚假材料，或者所持签证类型与入境目的不符等，造成签证失效； 以上两种情况都会被吊销护照。
一些国家在实施单边入境许可制度，即不依赖于国际移民组织或有关国家的外交部门，独自决定外国人是否可以入境，以及在境内可否居留、延期甚至丧失国籍等事宜。
一旦申请人触犯该国法律，或被当局怀疑其有犯罪行为时，哪怕没有受到任何指控，也会遭致无情的打击。 轻则限制出境、没收护照，重则驱逐出境并纳入黑名单，成为“黑名单”成员，今后在任何国家都无法获得入境签证。 当然，在移民办理过程中，因申请材料缺失或其他人为因素导致移民申请被拒签，也是会存在被扣留护照的情况的。但这种情况一般会在申请者重新准备齐全材料后，即可顺利拿回被扣护照。
计文胜优质答主现在移民局扣护照的情况越来越普遍，最常见的有以下几种扣护照的形式：
一、中国绿卡通在银行被冻结。这种情况下，如果去移民局领取护照，需要提供资金冻结证明，去所在银行开具即可。
二、申请人存在证件造假行为，比如提供虚假的单位资料等，这种情况要根据移民官的意思走其他流程进行核实。
三、申请人在中国有违章未处理（例如超速等）情况存在，需要提供当地警察局开具的违章处理完毕的证明。这种情况，一般可以尝试到移民局据理力争，甚至有可能直接拿到护照。
四、申请人有尾款未交清。这种情况下，必须交清所有尾款，才能拿到护照。
五、申请人办理签证有违章，比如在澳大利亚非学生区就读、打工时薪过低、工作时间过长等。这种需要提供学校就读证明信、或者工作期间的PAYSLIP等材料。
六、申请人本人有犯罪记录。这种情况下，必须提供原籍所在地开具的无犯罪记录、甚至需要提供其他国家的无犯罪记录证明。
七、申请人申请的签证类别与所提供的材料不匹配。例如，提供了公司的50%股权证明，但申请的签证类型是学生签。这种情况下，需考虑变更签证类型等。
